- Căn cứ Điều 30 Nghị định số 82/2018/NĐ-CP ngày 22/05/2018 của Chính phủ quy định về quản lý khu công nghiệp và khu kinh tế như sau:

“Điều 30. Quy định riêng áp dụng đối với khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất

…5. Quan hệ trao đổi hàng hóa giữa các khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất với các khu vực khác trên lãnh thổ Việt Nam, không phải khu phi thuế quan, là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu trừ các trường hợp quy định tại khoản 3 Điều này và các trường hợp không làm thủ tục hải quan do Bộ Tài chính quy định.”

- Căn cứ Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/03/2015 của Bộ Tài chính quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu quy định:

+ Tại Điều 74 Mục 5 quy định về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp chế xuất quy định:

“Điều 74. Nguyên tắc chung

1. Hàng hóa nhập khẩu phục vụ hoạt động sản xuất sản phẩm xuất khẩu của doanh nghiệp chế xuất (sau đây viết tắt là DNCX) phải thực hiện thủ tục hải quan theo quy định và sử dụng đúng với mục đích sản xuất; trừ các trường hợp sau DNCX được lựa chọn thực hiện hoặc không thực hiện thủ tục hải quan:

a) Hàng hóa mua bán giữa các DNCX với nhau;

b) Hàng hóa là vật liệu xây dựng, văn phòng phẩm, lương thực, thực phẩm, hàng tiêu dùng mua từ nội địa để xây dựng công trình, phục vụ cho điều hành bộ máy văn phòng và sinh hoạt của cán bộ, công nhân làm việc tại DNCX;

c) Hàng hóa luân chuyển trong nội bộ của một DNCX, luân chuyển giữa các DNCX trong cùng một khu chế xuất;

d) Hàng hóa của các DNCX thuộc một tập đoàn hay Hệ thống công ty tại Việt Nam, có hạch toán phụ thuộc;

đ) Hàng hóa đưa vào, đưa ra DNCX để bảo hành, sửa chữa hoặc thực hiện một số công đoạn trong hoạt động sản xuất như: phân loại, đóng gói, đóng gói lại.

Trường hợp không làm thủ tục hải quan, DNCX lập và lưu trữ chứng từ, sổ chi tiết việc theo dõi hàng hóa đưa vào, đưa ra theo các quy định của Bộ Tài chính về mua bán hàng hóa, chế độ kế toán, kiểm toán, trong đó xác định rõ mục đích, nguồn hàng hóa.

2. Hàng hóa DNCX mua từ nội địa hoặc nhập khẩu từ nước ngoài đã nộp đầy đủ các loại thuế và đã thực hiện đầy đủ chính sách quản lý hàng hóa xuất khẩu nhập khẩu theo quy định khi trao đổi, mua bán trong nội địa không phải làm thủ tục hải quan.

3. Cơ quan hải quan quản lý khu chế xuất; DNCX chỉ giám sát trực tiếp tại cổng ra, vào của khu chế xuất; DNCX khi cần thiết theo quyết định của Cục trưởng Cục Hải quan.”

- Căn cứKhoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 ngày 6/4/2016 của Quốc hội sửa đổi, bổ sung Điều 13 của Luật thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 đã được sửa đổi, bổ sung một số Điều theo Luật số 31/2013/QH13 thì:

“3. Khoản 1 và Khoản 2 Điều 13 được sửa đổi, bổ sung như sau:

…2. Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý, trừ trường hợp hàng hóa nhập khẩu để xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật hải quan. Thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với người nộp thuế sản xuất hàng hóa xuất khẩu không vi phạm pháp luật về thuế, hải quan trong thời gian hai năm liên tục; người nộp thuế không thuộc đối tượng rủi ro cao theo quy định của Luật quản lý thuế.”

- Căn cứ tại Khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ sửa đổi bổ sung Điều 10 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng quy định về hoàn thuế GTGT:

“3. Cơ sở kinh doanh trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng), quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý; trường hợp trong tháng, quý số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ chưa đủ 300 triệu đồng thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo; trường hợp vừa có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hóa, dịch vụ tiêu thụ nội địa nếu sau khi bù trừ với số thuế phải nộp, số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế giá trị gia tăng đầu vào sử dụng cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ của các kỳ khai thuế giá trị gia tăng tính từ kỳ khai thuế tiếp theo kỳ hoàn thuế liền trước đến kỳ đề nghị hoàn thuế hiện tại.”

- Căn cứ Thông tư 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế GTGT:

+ Tại Điều 7 quy định về giá tính thuế:

Điều 7. Giá tính thuế

1. Đối với hàng hóa, dịch vụ do cơ sở sản xuất, kinh doanh bán ra là giá bán chưa có thuế GTGT. Đối với hàng hóa, dịch vụ chịu thuế tiêu thụ đặc biệt là giá bán đã có thuế tiêu thụ đặc biệt nhưng chưa có thuế GTGT.

Đối với hàng hóa chịu thuế bảo vệ môi trường là giá bán đã có thuế bảo vệ môi trường nhưng chưa có thuế giá trị gia tăng; đối với hàng hóa vừa chịu thuế tiêu thụ đặc biệt, vừa chịu thuế bảo vệ môi trường là giá bán đã có thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường nhưng chưa có thuế giá trị gia tăng.

2. Đối với hàng hóa nhập khẩu là giá nhập tại cửa khẩu cộng (+) với thuế nhập khẩu (nếu có), cộng (+) với thuế tiêu thụ đặc biệt (nếu có), cộng (+) với thuế bảo vệ môi trường (nếu có). Giá nhập tại cửa khẩu được xác định theo quy định về giá tính thuế hàng nhập khẩu.

Trường hợp hàng hóa nhập khẩu được miễn, giảm thuế nhập khẩu thì giá tính thuế GTGT là giá nhập khẩu cộng (+) với thuế nhập khẩu xác định theo mức thuế phải nộp sau khi đã được miễn, giảm.

……22. Giá tính thuế đối với các loại hàng hóa, dịch vụ quy định từ khoản 1 đến khoản 21 Điều này bao gồm cả khoản phụ thu và phí thu thêm ngoài giá hàng hóa, dịch vụ mà cơ sở kinh doanh được hưởng.

…Giá tính thuế được xác định bằng đồng Việt Nam. Trường hợp người nộp thuế có doanh thu bằng ngoại tệ thì phải quy đổi ra đồng Việt Nam theo tỷ giá giao dịch bình quân trên thị trường ngoại tệ liên ngân hàng do Ngân hàng nhà nước công bố tại thời điểm phát sinh doanh thu để xác định giá tính thuế.”

+ Tại Điều 9 quy định như sau:

“Điều 9. Thuế suất 0%

1. Thuế suất 0%: áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu; hoạt động xây dựng, lắp đặt công trình ở nước ngoài và ở trong khu phi thuế quan; vận tải quốc tế; hàng hóa, dịch vụ thuộc diện không chịu thuế GTGT khi xuất khẩu, trừ các trường hợp không áp dụng mức thuế suất 0% hướng dẫn tại khoản 3 Điều này.

Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu là hàng hóa, dịch vụ đượcbán, cung ứng cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài và tiêu dùng ở ngoài Việt Nam; bán, cung ứng cho tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan; hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho khách hàng nước ngoài theo quy định của pháp luật.

a) Hàng hóa xuất khẩu bao gồm:

- Hàng hóa xuất khẩu ra nước ngoài, kể cả ủy thác xuất khẩu;

- Hàng hóa bán vào khu phi thuế quan theo quy định của Thủ tướng Chính phủ; hàng bán cho cửa hàng miễn thuế;

- Hàng hóa bán mà điểm giao, nhận hàng hóa ở ngoài Việt Nam;

- Phụ tùng, vật tư thay thế để sửa chữa, bảo dưỡng phương tiện, máy móc thiết bị cho bên nước ngoài và tiêu dùng ở ngoài Việt Nam;

…

2. Điều kiện áp dụng thuế suất 0%:

a) Đối với hàng hóa xuất khẩu:

- Có hợp đồng bán, gia công hàng hóa xuất khẩu; hợp đồng ủy thác xuất khẩu;

- Có chứng từ thanh toán tiền hàng hóa xuất khẩu qua ngân hàng và các chứng từ khác theo quy định của pháp luật;

- Có tờ khai hải quan theo quy định tại khoản 2 Điều 16 Thông tư này.

…”

+ Tại Điều 16 quy định về điều kiện khấu trừ, hoàn thuế đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu

"Điều 16. Điều kiện khấu trừ, hoàn thuế đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu

Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu (trừ các trường hợp hướng dẫn Điều 17 Thông tư này) để được khấu trừ thuế, hoàn thuế GTGT đầu vào phải có đủ điều kiện và các thủ tục nêu tại khoản 2 Điều 9 và khoản 1 Điều 15 Thông tư này, cụ thể như sau:

1. Hợp đồng bán hàng hóa, gia công hàng hóa (đối với trường hợp gia công hàng hóa), cung ứng dịch vụ cho tổ chức, cá nhân nước ngoài. Đối với trường hợp ủy thác xuất khẩu là hợp đồng ủy thác xuất khẩu và biên bản thanh lý hợp đồng ủy thác xuất khẩu (trường hợp đã kết thúc hợp đồng) hoặc biên bản đối chiếu công nợ định kỳ giữa bên ủy thác xuất khẩu và bên nhận ủy thác xuất khẩu có ghi rõ: số lượng, chủng loại sản phẩm, giá trị hàng ủy thác đã xuất khẩu; số, ngày hợp đồng xuất khẩu của bên nhận ủy thác xuất khẩu ký với nước ngoài; số, ngày, số tiền ghi trên chứng từ thanh toán qua ngân hàng với nước ngoài của bên nhận ủy thác xuất khẩu; số, ngày, số tiền ghi trên chứng từ thanh toán của bên nhận ủy thác xuất khẩu thanh toán cho bên ủy thác xuất khẩu; số, ngày tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu của bên nhận ủy thác xuất khẩu.

2. Tờ khai hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu đã làm xong thủ tục hải quan theo hướng dẫn của Bộ Tài chính về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Đối với cơ sở kinh doanh xuất khẩu sản phẩm phần mềm dưới các hình thức tài liệu, hồ sơ, cơ sở dữ liệu đóng gói cứng để được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh phải đảm bảo thủ tục về tờ khai hải quan như đối với hàng hóa thông thường.

Riêng các trường hợp sau không cần tờ khai hải quan:

- Đối với cơ sở kinh doanh xuất khẩu dịch vụ, phần mềm qua phương tiện điện tử thì không cần có tờ khai hải quan. Cơ sở kinh doanh phải thực hiện đầy đủ các quy định về thủ tục xác nhận bên mua đã nhận được dịch vụ, phần mềm xuất khẩu qua phương tiện điện tử theo đúng quy định của pháp luật về thương mại điện tử.

- Hoạt động xây dựng, lắp đặt công trình ở nước ngoài hoặc ở trong khu phi thuế quan.

- Cơ sở kinh doanh cung cấp điện, nước, văn phòng phẩm và hàng hóa phục vụ sinh hoạt hàng ngày của doanh nghiệp chế xuất gồm: lương thực, thực phẩm, hàng tiêu dùng (bao gồm cả bảo hộ lao động: quần, áo, mũ, giầy, ủng, găng tay).

3. Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu phải thanh toán qua ngân hàng...

4. Hóa đơn GTGT bán hàng hóa, dịch vụ hoặc hóa đơn xuất khẩu hoặc hóa đơn đối với tiền gia công của hàng hóa gia công.

- Căn cứ Điều 2 Thông tư 25/2018/TT-BTC ngày 16/3/2018 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Khoản 4 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính) như sau:

“4. Hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu

a) Cơ sở kinh doanh trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng), quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu bao gồm cả trường hợp: Hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu vào khu phi thuế quan; hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu ra nước ngoài, có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý; trường hợp trong tháng, quý số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ chưa đủ 300 triệu đồng thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo.

Cơ sở kinh doanh trong tháng/quý vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ tiêu thụ nội địa thì cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào sử dụng cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ của các kỳ khai thuế giá trị gia tăng tính từ kỳ khai thuế tiếp theo kỳ hoàn thuế liền trước đến kỳ đề nghị hoàn thuế hiện tại.

Số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu (bao gồm số thuế GTGT đầu vào hạch toán riêng được và số thuế GTGT đầu vào được phân bổ theo tỷ lệ nêu trên) nếu sau khi bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hàng hóa, dịch vụ tiêu thụ nội địa còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế cho hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Số thuế GTGT được hoàn của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu không vượt quá doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nhân (x) với 10%.

Đối tượng được hoàn thuế trong một số trường hợp xuất khẩu như sau: Đối với trường hợp ủy thác xuất khẩu, là cơ sở có hàng hóa ủy thác xuất khẩu; đối với gia công chuyển tiếp, là cơ sở ký hợp đồng gia công xuất khẩu với phía nước ngoài; đối với hàng hóa xuất khẩu để thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài, là doanh nghiệp có hàng hóa, vật tư xuất khẩu thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài; đối với hàng hóa xuất khẩu tại chỗ là cơ sở kinh doanh có hàng hóa xuất khẩu tại chỗ.

…”

- Căn cứ Thông tư 39/2014/TT-BTC ngày 31/03/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 51/2010/NĐ-CP ngày 14 tháng 5 năm 2010 và Nghị định số 04/2014/NĐ-CP ngày 17 tháng 01 năm 2014 của Chính phủ quy định về hoá đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ:

+ Tại Điều 20 quy định về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ, hướng dẫn xử lý đối với hóa đơn đã lập:

“1. Trường hợp lập hóa đơn chưa giao cho người mua, nếu phát hiện hóa đơn lập sai, người bán gạch chéo các liên vàlưu giữsốhóa đơn lập sai.

2. Trường hợp hóa đơn đãlập vàgiao cho người mua nhưng chưa giao hàng hóa, cung ứng dịch vụhoặc hóa đơn đãlập vàgiao cho người mua, người bán vàngười mua chưa kê khai thuếnếu phát hiện sai phải hủy bỏ, người bán vàngười mua lập biên bản thu hồi các liên của sốhóa đơn đãlập sai. Biên bản thu hồi hóa đơn phải thểhiện được lýdo thu hồi hóa đơn. Người bán gạch chéo các liên, lưu giữsốhóa đơn lập sai vàlập lại hóa đơn mới theo quy định.

3. Trường hợp hóa đơn đãlập và giao cho người mua, đãgiao hàng hóa, cung ứng dịch vụ, người bán vàngười mua đãkê khai thuế, sau đóphát hiện sai sót thìngười bán vàngười mua phải lập biên bản hoặc cóthỏa thuận bằng văn bản ghi rõsai sót, đồng thời người bán lập hóa đơn điều chỉnh sai sót. Hóa đơn ghi rõ điều chỉnh (tăng, giảm) sốlượng hàng hóa, giábán, thuếsuất thuếgiátrịgia tăng..., tiền thuếgiátrịgia tăng cho hóa đơn số..., kýhiệu... Căn cứvào hóa đơn điều chỉnh, người bán vàngười mua kêkhai điều chỉnh doanh sốmua, bán, thuếđầu ra, đầu vào. Hóa đơn điều chỉnh không được ghi sốâm (-).”

- Căn cứ Khoản 1 Điều 5 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định và hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp như sau:

"1. Doanh thu để tính thu nhập chịu thuế được xác định như sau:

Doanh thu để tính thu nhập chịu thuế là toàn bộ tiền bán hàng hóa, tiền gia công, tiền cung cấp dịch vụ bao gồm cả khoản trợ giá, phụ thu, phụ trội mà doanh nghiệp được hưởng không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền.

a) Đối với doanh nghiệp nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế là doanh thu chưa bao gồm thuế giá trị gia tăng.

b) Đối với doanh nghiệp nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp trên giá trị gia tăng là doanh thu bao gồm cả thuế giá trị gia tăng.

c) Trường hợp doanh nghiệp có hoạt động kinh doanh dịch vụ mà khách hàng trả tiền trước cho nhiều năm thì doanh thu để tính thu nhập chịu thuế được phân bổ cho số năm trả tiền trước hoặc được xác định theo doanh thu trả tiền một lần. Trường hợp doanh nghiệp đang trong thời gian hưởng ưu đãi thuế việc xác định số thuế được ưu đãi phải căn cứ vào tổng số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp của số năm thu tiền trước chia (:) cho số năm thu tiền trước."

Căn cứ các quy định nêu trên, Cục Thuế TP Hà Nội hướng dẫn về nguyên tắc như sau:

- Về thuế suất thuế GTGT: Trường hợp Công ty của Độc giả cung cấp cho doanh nghiệp chế xuất (DNCX) những hàng hóa là văn phòng phẩm và hàng hóa phục vụ cho sinh hoạt hàng ngày của DNCX thuộc trường hợp không cần tờ khai hải quan theo hướng dẫn tại Khoản 2 Điều 16 Thông tư 219/2013/TT-BTC thì các hàng hóa này được áp dụng thuế suất thuế GTGT 0% nếu đáp ứng các điều kiện về hợp đồng bán hàng hóa và chứng từ thanh toán theo quy định tại Tiết a Khoản 2 Điều 9 Thông tư 219/2013/TT-BTC nêu trên.

Trường hợp Công ty của Độc giả cung cấp cho DNCX các hàng hóa khác không thuộc các mặt hàng theo hướng dẫn nêu trên thì để được áp dụng thuế suất 0%, Công ty cần phải đảm bảo đủ các điều kiện quy định tại Khoản 2 Điều 9 Thông tư  219/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính  (trong đó có điều kiện về tờ khai hải quan đã làm xong thủ tục hải quan).

- Về việc xử lý đối với hóa đơn đã lập: Trường hợp hóa đơn của Công ty của Độc giả đã lập có sai sót, Công ty nghiên cứu Điều 20 Thông tư 39/2014/TT-BTC để thực hiện xử lý, điều chỉnh theo quy định.

- Về giá tính thuế GTGT, doanh thu tính thuế TNDN: Đề nghị Độc giả nghiên cứu, thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 7 Thông tư 219/2013/TT-BTC, Khoản 1 Điều 5 Thông tư số 78/2014/TT-BTC của Bộ Tài chính nêu trên.

Trong quá trình thực hiện nếu có vướng mắc, đề nghị Độc giả liên hệ với Cơ quan thuế quản lý trực tiếp (gửi kèm hồ sơ liên quan) để được xem xét, hướng dẫn.