- Căn cứ khoản 5 Điều 18 Thông tư 219/2013/TT-BTC (được sửa đổi bởi Khoản 3 Điều 1 Thông tư 130/2016/TT-BTC) quy định về đối tượng và trường hợp được hoàn thuế GTGT như sau:

“Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế giá trị gia tăng khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số thuế giá trị gia tăng nộp thừa hoặc số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết.

Cơ sở kinh doanh trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh nhưng phải giải thể, phá sản hoặc chấm dứt hoạt động chưa phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu ra của hoạt động kinh doanh chính theo dự án đầu tư thì chưa phải điều chỉnh lại số thuế giá trị gia tăng đã kê khai, khấu trừ hoặc đã được hoàn. Cơ sở kinh doanh phải thông báo với cơ quan thuế quản lý trực tiếp về việc giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động theo quy định.

Trường hợp cơ sở kinh doanh sau khi làm đầy đủ thủ tục theo quy định của pháp luật về giải thể, phá sản thì đối với số thuế GTGT đã được hoàn thực hiện theo quy định của pháp luật về giải thể, phá sản và quản lý thuế; đối với số thuế GTGT chưa được hoàn thì không được giải quyết hoàn thuế.

Trường hợp cơ sở kinh doanh chấm dứt hoạt động và không phát sinh thuế GTGT đầu ra của hoạt động kinh doanh chính thì phải nộp lại số thuế đã được hoàn vào ngân sách nhà nước. Trường hợp có phát sinh bán tài sản chịu thuế GTGT thì không phải điều chỉnh lại số thuế GTGT đầu vào tương ứng của tài sản bán ra.”

- Căn cứ quy định tại Điều 19 Thông tư 219/2013/TT-BTC điều kiện và thủ tục hoàn thuế GTGT như sau:

“1. Các cơ sở kinh doanh, tổ chức thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại điểm 1, 2, 3, 4, 5 Điều 18 Thông tư này phải là cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, đã được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc giấy phép đầu tư (giấy phép hành nghề) hoặc quyết định thành lập của cơ quan có thẩm quyền, có con dấu theo đúng quy định của pháp luật, lập và lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán; có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh.

2. Các trường hợp cơ sở kinh doanh đã kê khai đề nghị hoàn thuế trên Tờ khai thuế GTGT thì không được kết chuyển số thuế đầu vào đã đề nghị hoàn thuế vào số thuế được khấu trừ của tháng tiếp sau.

3. Thủ tục hoàn thuế GTGT thực hiện theo quy định tại Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.”

- Căn cứ quy định tại Điều 31 Thông tư 80/2021/TT-BTC về hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động như sau:

“1. Trường hợp thuộc diện cơ quan thuế phải kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế theo quy định tại điểm g khoản 1 Điều 110 Luật Quản lý thuế và Chương VIII Thông tư này thì người nộp thuế không phải gửi Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước.

Cơ quan thuế căn cứ kết quả kiểm tra tại Kết luận hoặc Quyết định xử lý và các tài liệu kiểm tra khác để xác định số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết đủ điều kiện hoàn thuế và thực hiện giải quyết hoàn thuế cho người nộp thuế theo quy định tại Mục này.

2. Trường hợp không thuộc diện kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế nêu tại khoản 1 Điều này thì người nộp thuế lập và gửi Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 01/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này đến cơ quan thuế.”

Đối chiếu quy đinh nêu trên, sau khi Chi nhánh Công ty hoàn tất các thủ tục chuyển về kê khai tại trụ sở chính thì Công ty thực hiện hoàn thuế GTGT nếu đáp ứng đủ các điều kiện theo quy định tại khoản 5 Điều 18, Điều 19 Thông tư số 219/2013/TT-BTC và Điều 31 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.